O Congregacionalismo Brasileiro não tem suas origens históricas no Congregacionalismo Britânico ou Norte-Americano, mas sim no trabalho missionário indenominacional realizado pelo médico-missionário escocês de origem presbiteriana Robert Reid Kalley e sua esposa Sarah Poulton Kalley, que chegaram ao Brasil em 1855. Eles começaram um trabalho de evangelização e mais tarde fundaram, no Rio de Janeiro, a Igreja Evangélica Fluminense (11/07/1858), a Igreja Evangélica Pernambucana, no Recife, e uma congregação que se tornou Igreja Evangélica de Niterói (1863,atual 1ª Igreja Evangélica e Congregacional de Niterói). Todas essas igrejas eram apenas igrejas evangélicas brasileiras, sem nenhum vínculo denominacional com igrejas no exterior.
Apesar de ter sido batizado na Igreja da Escócia (presbiteriana), Kalley não possuía vínculos com nenhuma denominação e, ao estabelecer igrejas no Brasil, se afastou da tradição presbiteriana, rígida em matéria de organização eclesiástica, e introduziu uma estrutura congregacionalista, onde cada igreja local é independente e autônoma. Além disso, Kalley deixou também a prática do batismo infantil, que é realizado tanto por Presbiterianos quanto por Congregacionais. Por causa disso, algumas pessoas identificaram as igrejas que Kalley fundou como batistas. Quando o missionário William Bowers foi enviado ao Recife para pastorear a Igreja Evangélica Pernambucana, por um equívoco foi divulgado que ele estava sendo ordenado para o pastorado de uma igreja batista. Acerca disso Kalley se pronunciou e escreveu enfaticamente demonstrando sua desaprovação:
"Desde o início o nome da igreja tem sido, 'Igreja Evangélica', e ela é filha da Igreja Evangélica do Rio, e nenhuma das duas têm sido igrejas batistas... Eu não sou batista; não tenho nada a ver com diferenças denominacionais... Eu sabia que ele [Bowers] foi batizado como crente e que se opõe ao batismo de crianças. Eu sabia que ele não considera a imersão como essencial ao batismo cristão em água, e me dispus a conduzí-lo ao pastorado da igreja sem nenhuma inovação, e fiquei feliz por poder ajudá-lo a ir e trabalhar como ministro cristão (como eu sempre tenho sido), sem restrições denominacionais" [1]
Era dessa forma que Kalley definia a si mesmo: um ministro cristão, sem restrições denominacionais. Ainda acerca da Igreja Evangélica Pernanbucana, Kalley escreveu em outra ocasião:
"A Igreja Evangélica Pernambucana não pertence a nenhuma denominação estrangeira; não é presbiteriana porque esta considera válido o batismo romano e pratica o batismo de crianças; aproxima-se mais da denominação batista, mas prefere ter a liberdade de admitir à comunhão qualquer crente fiel e obediente ao Senhor... É, pois, uma igreja evangélica brasileira" [2].
Em 1913, as Igrejas originadas do trabalho de Kalley se agruparam na União de Igrejas Evangélicas Indenominacionais do Brasil, que mais tarde, depois de várias mudanças de nome, seria chamada de União das Igrejas Evangélicas Congregacionais do Brasil (UIECB). O termo "Congregacional" foi adotado por essas igrejas (apesar da resistência inicial) para designar a forma de governo pela qual são regidas, e não para indicar suas origens históricas, uma vez que essas igrejas são fruto de um trabalho indenominacional, sem nenhuma relação com as Igrejas Congregacionais Britânicas ou Norte-Americanas.
A UIECB junto com a AIECB (Aliança das Igrejas Evangélicas Congregacionais do Brasil), constituem as duas principais e maiores fraternidades do Congregacionalismo brasileiro.
As Igrejas originadas do trabalho de Kalley, subscrevem como declaração de fé a Breve Exposição das Doutrinas Fundamentais do Cristianismo. Elas batizam adultos por aspersão, não batizam crianças, e em seu corpo eclesiástico possuem pastores, presbíteros e diáconos.
Outros grupos congregacionalista brasileiros são:
• Igreja Cristã Evangélica do Brasil, que por algum tempo esteve associada com a UIECB.
• Igreja Evangélica Congregacional do Brasil, de origem alemã pietista, sua presença está concentrada em sua maior parte na Região Sul do Brasil.
• Associação das Igrejas Congregacionais Conservadoras do Brasil (AIECCB) - formada em 1998 em uma assembléia realizada na Igreja Congregacional da Avenida Canal em Campina Grande - PB.
• Aliança das Igrejas Evangélicas Congregacionais Brasileiras
• Comunhão das Igrejas Bíblicas Congregacionais
A UIECB é um dos membros fundadores da Fraternidade Mundial Evangélica Congregacional.
