O regime de governo eclesiástico conhecido como Congregacional é um sistema onde cada congregação local é autônoma e independente. A igreja local possui autonomia para sua própria reflexão teológica, expansão missionária, relação com outras congregações e seleção de seu ministério. O Congregacionalismo está baseado nos seguintes princípios:
1. Cada congregação de fiéis, unida pela adoração, observação dos sacramentos e disciplina cristã, é uma Igreja completa, não subordinada em sua administração a qualquer outra autoridade eclesiástica senão a de sua própria assembléia, que é a autoridade decisória final do governo de cada igreja local.
2. Não existe nenhuma outra organização ou entidade maior ou mais extensa do que uma Igreja local a quem pode ser dada prerrogativas eclesiásticas ou ser chamada de Igreja.
3. As igrejas locais estão em comunhão umas com as outras, são inter-dependentes e estão inter-comprometidas no cumprimento de todos os deveres resultantes dessa comunhão. Por isso, se organizam em Concílios, Sínodos ou Associações. Entretanto, essas organizações não são Igrejas, mas são formadas por elas e estão à serviço delas.
